Tutkimushankkeisiin liittyvä ulkopuolinen rahoitus hallinnoidaan aina Turun yliopiston tai Varsinais-Suomen hyvinvointialueen kautta ja rahoitukseen sisällytetään kaikki maksettavat kulut, myös tutkijoiden ja muun henkilöstön palkkiot, poikkeuksena tutkijoiden henkilökohtaiset apurahat.
Rahoitusasiat ja tutkimussopimukset valmistellaan yliopiston ja Varhan hallintoon kuuluvien yksiköiden toimesta kyseisen organisaation hallintokäytäntöjen mukaisesti. Virkamiesvalmisteluna ratkaistaan, kumman organisaation nimissä tutkimushanke toteutetaan ja sopimus sekä siihen liittyvä rahoitus hallinnoidaan.
Varha perii yleiskustannuksena 15% tilaustutkimusten rahoituksesta, 7,5% tutkijalähtöisistä tutkimuksista ja 0% valtion tutkimusrahoituksella tehdyistä tutkimuksista.
Tutkimussopimukset tehdään ensisijaisesti sen organisaation nimissä, jossa tutkimushankkeen vastuullinen johtaja on päävirassa. Jos kuitenkin tutkittavat osallistuvat tutkimukseen Varhan potilaina, tehdään tutkimussopimus Varhan nimissä. Varhan potilaalla tarkoitetaan tässä yhteydessä kaikkia tutkittavia, jotka kirjataan tutkimuksen johdosta sairaalan potilastietojärjestelmiin. Mikäli tutkimus toteutetaan kokonaan toisen organisaation toimintana ja yksinomaan kyseisen osapuolen henkilökuntaa, tiloja, laitteita tai muita resursseja käyttäen, tehdään sopimus kyseisen organisaation nimissä riippumatta tutkijan pääviran työnantajasta.
Mikäli tutkimus toteutetaan yhteishankkeena, jossa käytetään kummankin organisaation henkilökuntaa, tiloja, laitteita tai muita resursseja, voidaan sopimus tehdään joko rahoittajan, Varhan ja yliopiston välisenä kolmikantasopimuksena tai rahoittajan ja päätoteuttajan välisenä pääsopimuksena, jolloin päätoteuttaja tekee alihankintasopimuksen toisen osapuolen kanssa.