Pääsääntö on, että tutkijan tulee julkaista tieteellisen tutkimuksen tulokset. Se, että tulokset ovat toimeksiantajan kaupallisten tai muiden tarkoitusperien kannalta kielteisiä, ei saa estää tulosten julkaisemista. Tutkimustulosten kaupalliseen hyödyntämiseen tähtäävät suojaamistoimet (patentointi ym.) eivät saa kohtuuttomasti viivästyttää julkaisemista. Immateriaalioikeuksien suojaaminen esim. patentoimalla on mahdollista myös tutkijalähtöisissä hankkeissa, joilla ei ole ulkopuolista toimeksiantajaa.
Julkaisufoorumin valinta
Tutkimustyön tulokset pyritään julkaisemaan tutkimusaiheen kannalta alan merkittävässä tieteellisessä julkaisusarjassa (lehdessä). Pyrkimys kansainväliseen näkyvyyteen on keskeinen foorumin valintaperuste. Julkaisusarjan viittausindeksi (impact factor) ja muut valintaan vaikuttavat seikat (esim. referee-käytännön laadukkuus ja nopeus, lehden saatavuus sähköisessä muodossa, mahdolliset julkaisemisen kustannukset) tarkistetaan, ja lehdeksi valitaan tutkimustulosten kannalta relevantti korkeatasoinen sarja. Lehti kannattaa valita ennen kuin alkaa kirjoittaa artikkelia, koska silloin voi varmistaa, että kirjoitettavan artikkelin aihe sopii lehden aihepiiriin.
Alan kongresseissa ja muissa kokouksissa tutkimustuloksia raportoidaan joko suullisina esityksinä tai posterimuodossa.
Käsikirjoituksen valmistelu
Käsikirjoitus laaditaan, siitä keskustellaan ja sitä kommentoidaan tutkijoiden lähipiirissä. Käsikirjoitusta korjataan ja viimeistellään.
Kansainvälisen lääketieteellisten aikakausijulkaisujen päätoimittajien yhteistyöorganisaation ICMJE:n (International Committee of Medical Journal Editors) ohjeissa Recommendations for the Conduct, Reporting, Editing, and Publication of Scholarly Work in Medical Journals osassa IV Manuscript preparation and Submission (sivut 12-17) käsitellään yleisesti käsikirjoituksen laatimista ja myös yksityiskohtaisemmin sen eri osia esim. tiivistelmää, johdantoa, menetelmiä jne. Ehdottoman tärkeää on tarkkaan tutustua valitsemansa lehden ja kustantajan kirjoitusohjeisiin (author guidelines). Myös lehden aikaisemmin ilmestyneistä artikkeleista voi ottaa mallia.
Tekijä/kirjoittaja, author
Pääsääntöisesti julkaisun tekijä on tutkija, joka on tutkijan työpanoksella osallistunut kyseiseen tutkimukseen; tekninen avustaja, tutkimuksen rahoittaja, tutkimuksessa käytetyn laitteen tai aineiston omistaja tai tutkijan esimies ei pelkästään näissä rooleissa täytä tekijyyden kriteerejä. Tutkimusryhmä arvioi tutkimuksen suunnitteluun, järjestämiseen, käytännön toteutukseen, tulosten analysointiin ja raportointiin osallistuneiden osuutta ja roolia tutkimuksen toteutumisessa ja päättää sen perusteella julkaisun kirjoittajista sekä heidän järjestyksestään. Monitieteisessä tutkimusyhteistyössä tutkijat vastaavat ensisijaisesti omista osuuksistaan, mutta jokaisen tekijän velvollisuus on perehtyä tutkimuksen kokonaisuuteen ja varmistua sen eri osien ja tutkimuksen johtopäätösten luotettavuudesta.
Tutkimusryhmän johtaja tai julkaisun ensimmäinen kirjoittaja (first author) toimii yleensä yhteyskirjoittajana (corresponding author), joka vastaa käsikirjoitusta ja julkaisua koskevasta kirjeenvaihdosta tutkimuksen julkaisemisvaiheessa ja sen jälkeen. Yhteyskirjoittajalla on erityinen vastuu koko tutkimuksen ja siitä kirjoitetun julkaisun luotettavuudesta.
Kysymys kirjoittajuudesta tieteellisessä julkaisussa tuottaa joskus ongelmia, eikä siihen ole yksinkertaista ratkaisua. Yleisenä ohjeena on, että asia on sovittava työryhmän keskuudessa jo ennen tutkimuksen aloittamista tai viimeistään sen alkuvaiheessa. Jos tutkimus ja sen hyväksi tehtävät työpanokset oleellisesti muuttuvat työn kuluessa (esim. tarvitaan lisätutkimuksia tai jokin suunniteltu osio jää kokonaan tekemättä), tulee kirjoittajuudesta ja kirjoittajien nimien järjestyksestä sopia uudelleen. Tutkimustyön tulokset ovat tutkimusryhmän jäsenten yhteistä omaisuutta, eikä kukaan ryhmän jäsenistä saa romuttaa suunniteltua yhteistyötä julkaisemalla omat tuloksensa omissa nimissään tai kieltämällä omien tulostensa käyttö yhteiseksi suunnitellussa julkaisussa.
ICJME antaa kirjoittajuuden kriteereistä ohjeita, joita siihen kuuluvien lehtien päätoimittajat ovat sitoutuneet noudattamaan.
Kirjoittajuuden (authorship) vaatimukset ICJMEn mukaan ovat seuraavat:
- Kirjoittaja on osallistunut huomattavalla panoksella tutkimuksen suunnitteluun tai aineiston hankintaan tai aineiston analysointiin ja tulkintaan
- Kirjoittaja on osallistunut käsikirjoituksen kirjoittamiseen tai käsikirjoituksen työstämiseen analyyttisesti kommentoimalla sen sisältöä
- Kirjoittaja on osallistunut lopullisen version hyväksymiseen
- Kirjoittaja on vastuussa koko sisällöstä, sen täsmällisyydestä ja luotettavuudesta.
Kirjoittajan tulee täyttää jokaisen neljän kohdan vaatimukset.
Nämä vaatimukset erottavat kirjoittajat muista tutkimuksen ja käsikirjoituksen tekemiseen osallistuneista tekijöistä (contributors, collaborators), joiden nimet voi mainita artikkelin kiitoksissa (acknowledgements). Myös tutkimusryhmän muiden jäsenten kuin kirjoittajien nimet lisätään kiitoksiin. Pelkästään rahoituksen hankkiminen, aineiston keruu tai tutkimuksen yleinen ohjaaminen ei oikeuta tutkijaa olemaan kirjoittaja.
Tutkimusryhmän jäsenten työsuoritusten kirjaaminen voi olla tärkeätä mm. julkaisun väitöskirjakäyttöä ja viranhakuja varten. Yksityiskohtaiset ohjeet löytyvät lääketieteellisen tiedekunnan tieteellisen jatkokoulutuksen opinto-oppaasta.
Käsikirjoituksen lähettäminen lehteen, submittointi/submissio
Käsikirjoitus lähetetään arvioitavaksi lehteen useimmiten sähköisen järjestelmän kautta. Tärkein lähetettävä tiedosto on tietenkin käsikirjoitus, sen lisäksi, ohjeiden mukaan, lähetetään esimerkiksi taulukot ja kuvat omina tiedostoinaan. Monet lehdet/kustantajat vaativat submittoinin aikana selvityksen rahoituksesta ja sidonnaisuuksista sekä pyytävät muutaman vertaisarvioijan (referee, reviewer) nimen referee-pankkiin (2-4 ehdotusta yleensä). Vertaisarvioija ei saa olla samasta organisaatiosta kuin kirjoittaja, ei mielellään myöskään samasta maasta. Joissain lehdissä vaatimuksena saattaa olla, että ilmoitetun refereen tulee olla Pohjoismaiden ulkopuolelta.
Submittointi vaihtelee erittäin paljon lehtien välillä. Kaikkea ei aina mainita ohjeissakaan, mutta submittoinnin voi keskeyttää ja jatkaa myöhemmin, jos kaikkiin kysymyksiin ei ole varautunut.
Saatekirje, cover letter
Saatekirje avataan kiittämällä mahdollisuudesta julkaista asianomaisessa lehdessä. Käsikirjoituksesta mainitaan nimi, kirjoittajat sekä, hyvin lyhyesti ja tiivistäen (=lause, korkeintaan kaksi), se, miksi lehden kannattaisi julkaista juuri tämä käsikirjoitus. Se voi olla hyvät tulokset tai jokin muu kiinnostava seikka.
Lisäksi saatekirjeessä tulee yhteyskirjoittajan vakuuttaa, että
- käsikirjoitus on ennen julkaisematon
- kaikki kirjoittajat ovat lukeneen käsikirjoituksen ja hyväksyneet sen
- käsikirjoitusta ei ole lähetetty julkaistavaksi mihinkään muuhun lehteen
- mahdollisista kirjoittajien sidonnaisuuksista (conflicts of interest) ja rahoittajista on ilmoitettu
- tutkimukselle on tehty eettinen ennakkoarviointi
- kirjoittajuuden kriteereitä on noudatettu.
Käytäntö vaihtelee eri lehdissä. Osa tässä mainituista asioista kysytään submittoinissa, joissain lehdissä esim. eettisestä ennakkoarvioinnista pyydetään mainitsemaan jo käsikirjoituksessa.
Saatekirjeeseen voi lisätä mitä tahansa muuta informaatioita päätoimittajan avuksi, esim. aikaisemman submittoinnin (toisen lehden) kommentit ja kirjoittajan vastaukset niihin. Jotkin lehdet jopa tiedustelevat onko käsikirjoitus ollut arvioitavana jossain toisessa lehdessä ja jos on, niin mitä kommentoitiin.
Vertaisarviointi, peer review
Vertaisarviointi on korkeatasoisen tieteellisen julkaisutoiminnan perusta, joka erottaa tieteen muusta kirjoittelusta. Vertaisarviointi on olennainen osa tieteellistä prosessia.
Esitarkastaja/vertaisarvioija (referee, reviewer) tekee objektiivisen arvion siitä, että tutkimus, johon käsikirjoitus perustuu, on aihepiiriltään ja tutkimusmenetelmiltään asianmukainen, alkuperäinen ja että tutkimustulokset tukevat johtopäätelmiä. Arvioija ehdottaa mahdollisia korjauksia, käsikirjoituksen hylkäämistä tai hyväksyntää yhdessä päätoimittajan kanssa. Päätoimittaja arvioi käsikirjoituksen jo ennen vertaisarviointiin lähettämistä. Tärkeitä kriteereitä ovat uutuusarvo, tieteellinen vaikuttavuus ja ajankohtaisuus. Artikkeleista hylätään tässä vaiheessa noin 80 %.
Vastauskirje, response letter
Vastauskirje vertaisarvioijan ja/tai päätoimittajan kommentteihin ja ehdotuksiin on laadittava huolellisesti. Kaikkia arvioijan ehdotuksia ei tarvitse toteuttaa, mutta jokainen ehdotus on huomioitava ja selitettävä mitä kirjoittajat ovat tehneet ehdotuksen toteuttamiseksi tai miksi kirjoittajat ovat päätyneet eri ratkaisuun.
Julkaisusopimus, copyright
Kirjoittajat antavat artikkelin tekijänoikeudet lehdelle. Julkaisusopimus allekirjoitetaan sen jälkeen kun käsikirjoitus on hyväksytty julkaistavaksi.
Julkaisutiedonkeruu
Julkaisutiedonkeruulla halutaan saada tietoa eri organisaatioiden tutkimustoiminnasta ja yhteiskunnallisesta vaikuttavuudesta. Turun yliopiston julkaisuja kerätään OKM:n vaatimusten mukaan Converis-tietokantaan. Tyksin erityisvastuualueen kaikki julkaisut talletetaan Julki-tietokantaan. Tiedot yhdistetään VIRTA-julkaisutietopalveluun, johon kerätään kaikkien alojen julkaisut valtakunnallisesti. Mm. Suomen Akatemian asiointipalvelun raportointilomakkeessa on toimintona VIRTA-poiminta.
Jotta julkaisutiedonkeruussa pystyttäisiin keräämään kaikki organisaation julkaisut, pitää tutkijoiden/kirjoittajien ilmoittaa organisaatiokytköksensä (affiliaationsa) oikein. Turun yliopiston ja Turun yliopistollisen sairaalan tutkijat ilmoittavat affilaatiokseen
University of Turku and Turku University Hospital
Hakukoneiden toimivuuden takia on tärkeää, että affiliaatiot ilmoitetaan juuri tässä muodossa.
Muut Tyksin ervan terveydenhuollon organisaatiot päättävät oman organisaationsa kirjoitusasusta itse. Suotavaa kuitenkin olisi, että kaikki yhden organisaation kirjoittajat käyttäisivät samaa tapaa.